Η ιστορία διαδραματίζεται στα τέλη της εποχής των Εμφύλιων Πολέμων (γύρω στο 15ο και 16ο αι.). Η περιοχή της Iga είναι φημισμένη για τους ικανότατους ninja που ζουν εκεί. Επικεφαλής είναι ο Momochi Sandayu και ο βασικός αντίπαλός του είναι ο Fujibayashi Nagatonokami. Ο Ishikawa Goemon είναι ένας από τους καλύτερους genin (η χαμηλότερη βαθμίδα ninja) της ομάδας του Sandayu. Την ίδια εποχή, ο Oda Nobunaga καθώς πλησίαζε να κατακτήσει ολόκληρη την Ιαπωνία, ξεκινά την εξόντωση των θρησκευτικών σχολών.
